党中央、国务院高度重视排污许可管理工作。为了加强排污许可管理，规范企业事业单位和其他生产经营者排污行为，控制污染物排放，保护和改善生态环境，根据环境保护法等有关法律，《条例》从明确实行排污许可管理的范围和管理类别、规范申请与审批排污许可证的程序、加强排污管理、严格监督检查、强化法律责任等方面，对排污许可管理工作予以规范。
明确实行排污许可管理的范围和类别。《条例》规定，依照法律规定实行排污许可管理的企业事业单位和其他生产经营者（以下称排污单位）应当申请取得排污许可证。根据污染物产生量、排放量、对环境的影响程度等因素，对排污单位实行排污许可分类管理。实行排污许可管理的排污单位范围、实施步骤和管理类别名录，由国务院生态环境主管部门拟订并报国务院批准后公布实施。
规范申请与审批排污许可证的程序。《条例》明确了审批部门、申请方式、材料要求、审批期限，以及颁发排污许可证的条件和排污许可证应当记载的具体内容。
《条例》规定，排污单位污染物排放口位置和数量、污染物排放方式和排放去向应当与排污许可证规定相符。排污单位应当按照排污许可证规定和有关标准规范，依法开展自行监测，并保存原始监测记录。实行排污许可重点管理的排污单位，应当依法安装、使用、维护污染物排放自动监测设备。排污单位应当建立环境管理台账记录制度，如实记录主要生产设施、污染防治设施运行情况以及污染物排放浓度、排放量，并如实公开污染物排放信息。
《条例》规定，生态环境主管部门应当加强对排污许可的事中事后监管，将排污许可执法检查纳入生态环境执法年度计划，合理确定检查频次和检查方式。生态环境主管部门可以通过全国排污许可证管理信息平台监控、现场监测等方式，对排污单位的污染物排放量、排放浓度是否符合排污许可证规定等进行监督检查。
《条例》对未取得排污许可证排放污染物等违法行为，规定了按日连续处罚，责令限制生产、关闭等处罚措施和强制措施。对逃避监管违法排污的，与环境保护法规定的处罚措施作了衔接。
在以往，排污单位的自行监测数据与生态环境主管部门现场执法的监测数据不一致时，到底以谁的数据为准，容易产生争议。《条例》明确，排污单位自行监测数据与生态环境主管部门现场执法的监测数据不一致时，以生态环境主管部门监测数据为执法依据。这一规定，以行政法规的形式确立了生态环境主管部门及其所属监测机构在行政执法过程中收集的监测数据的效力，有利于保障行政执法的顺利开展。
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